L’organizzazione di un sistema di Controllo Ufficiale deve assicurare il raggiungimento ed il mantenimento di un livello di sicurezza per il consumatore in accordo con la legislazione comunitaria sulla  sicurezza alimentare. Lo strumento operativo per realizzare un sistema di controllo ufficiale è la applicazione di un sistema di sorveglianza epidemiologica.

Il Sistema di epidemio-sorveglianza vigente si articola in:

• Banca dati degli allevamenti (BDN) ed identificazione degli animali
• Attribuzione e mantenimento, mediante accertamenti periodici, delle qualifiche sanitarie ufficiali agli allevamenti ed ai territori
• Raccolta di dati epidemiologici derivanti dai piani di sorveglianza/monitoraggio per la valutazione della conformità alla normativa in materia di mangimi e di alimenti, di salute e di benessere degli animali
• Rispetto delle prescrizioni previste dalle norme in materia di polizia veterinaria
• Del sistema di epidemio-sorveglianza fanno parte, con ruolo attivo e precisi obblighi, i seguenti soggetti:
  - OSA/OSM e altri Utenti a qualsiasi titolo sottoposti a controllo ufficiale;
  - Autorità Competenti e altre Autorità/Organismi di controllo;
  - Laboratori riconosciuti per l’esecuzione di analisi ai fini dell’autocontrollo;
  - Istituti Zooprofilattici Sperimentali e qualsiasi altro laboratorio riconosciuto per l’esecuzione di controlli  ufficiali;
  - Strutture del SSN, strutture private e sanitari che effettuano attività di diagnosi e cura;
  - Veterinari Liberi Professionisti e Aziendali.

• Dalla lettura dei dati della rete di epidemio-sorveglianza scaturisce l’assegnazione di un “livello di rischio” che si riferisce, da un lato, alla fase della filiera di produzione in cui è inserito un OSA/OSM/Utente, dall’altro, alle specifiche caratteristiche del singolo OSA/OSM/Utente. Fra queste ultime, particolare importanza giocano il tipo di prodotto/processo operato e gli esiti di precedenti controlli ufficiali.